CNRS, IBMC, UPR9002 Architecture et Réactivité de l’ARN (ARN), Equipe Ribonucléoprotéines virales, incorporation du génome et assemblage, Strasbourg
CNRS-ARN
Présentation
L’équipe Ribonucléoprotéines virales, incorporation du génome et assemblage de l’UPR9002 ‘ARN’ du CNRS s’intéresse la sélection de l’ARN génomique et à son incorporation dans les particules virales chez les rétrovirus et les virus influenza A. Nous étudions ainsi la reconnaissance spécifique de l’ARN génomique rétroviral, au détriment des ARN viraux épissés et des ARN cellulaires, par le précurseur Gag de rétrovirus qui s’assemblent à la membrane plasmique (HIV-1, FIV) ou dans le cytoplasme (MMTV, MPMV). Cette reconnaissance repose sur la fixation préférentielle de la protéine Gag à des signaux d’empaquetage dans la structure secondaire et tridimensionnelle est essentielle. Dans, le cas des virus influenza, la nature segmentée du génome complique son incorporation sélective dans les virions, puisqu’un exemplaire de chaque segment génomique doit être empaqueté pour que la particule virale soit infectieuse. Chaque segment d’ARN viral contient des signaux d’empaquetage, pour la plupart mal définis, mais ils ne sont pas reconnus de manière spécifique par des protéines virales. Au contraire, comme nous l’avons montré en collaboration avec l’Unité VirPath (Lyon), les huit ribonucléoprotéines virales constituant le génome des virus influenza A forment un complexe supramoléculaire, vraisemblablement maintenu par des appariements intermoléculaires entre les signaux d’empaquetage. Cependant à ce jour seules deux interactions intermoléculaires entre ARN viraux et jouant un rôle dans l’empaquetage du génome ont été identifiées et elles ne sont pas localisées dans les régions d’empaquetage préalablement identifiées.
Les approches utilisées pour étudier l’encapsidation des génomes viraux combinent des études biochimiques in vitro et en cellules infectées. Elles font notamment appel à la cartographie de l’ARN en solution par des méthodologies telles que le SHAPE et une méthodologie développée au laboratoire, le MIME (Mutational Interference Mapping Experiment)
Enfin, l’équipe étudie aussi les facteurs de restriction de la famille APOBEC 3 et les moyens utilisés par les rétrovirus pour les contrer. Nous avons ainsi mis en évidence une régulation traductionnelle d’APOBEC3G et APOBEC3F par la protéine Vif du VIH-1.